Το ΕΚΒΥ λειτουργεί ως παράρτημα του Μουσείου Γουλανδρή Φυσικής Ιστορίας με έδρα τη Θέρμη του Νομού Θεσσαλονίκης. Ο γενικός σκοπός του ΕΚΒΥ είναι να προωθήσει την αειφορική διαχείριση των ανανεώσιμων φυσικών πόρων στην Ελλάδα και σε άλλες περιοχές της Μεσογειακής Λεκάνης και της Ευρωπαϊκής Ηπείρου. Από τα πρώτα έτη της λειτουργίας του, το έργο του κέρδισε την εκτίμηση και υποστήριξη της Ελληνικής Πολιτείας, της Ευρωπαϊκής Επιτροπής, της ελληνικής και διεθνούς επιστημονικής κοινότητας, των περιβαλλοντικών οργανώσεων στην Ελλάδα και τον κόσμο.

Σήμερα, πιστό στις αρχές και τις αξίες του, με σύγχρονο εξοπλισμό, πλούσια αρχεία, εξειδικευμένο και έμπειρο προσωπικό, καινοτομεί σε θέματα αναγνώρισης, απογραφής, χαρτογράφησης, διαχείρισης, αποκατάστασης και παρακολούθησης των ανανεώσιμων φυσικών πόρων. Παράγει γνώση, παρέχει πληροφόρηση, ευαισθητοποιεί το κοινό στην ανάγκη αειφορικής χρήσης, προωθεί την εκπαίδευση και την κατάρτιση, μελετά τις εξελίξεις, υποβάλλει εμπεριστατωμένες προτάσεις, μένει πιστό στην επιστημονική έρευνα. Ακολουθεί σταθερά μια πολιτική, συμβατή με την αρχή της αειφορίας. Η συμβολή του έχει αναγνωριστεί από την Ευρωπαϊκή Ένωση (π.χ. βραβεία Best LIFE και Natura 2000).